Chùa Tổ còn có tên chữ là Phúc Nghiêm Tự, được xây dựng vào khoảng thế kỷ thứ 2 sau Công nguyên. Năm 1313 chùa được tu bổ lại với kiến trúc tổng thể gồm 50 gian, dấu ấn này hiện vẫn được lưu giữ qua đôi câu đối thờ tại chùa: “Ngũ thập gian phạm vũ huy hoàng nam thiên thắng tích-Thiên vạn cổ hương hoa cúng giàng bắc địa danh lam”. Chùa thờ Phật mẫu Man Nương thuộc quần thể chùa Tứ Pháp gắn liền với truyền thuyết về Khâu Đà La-vị tổ của đạo Phật. Trong dân gian khi ấy đã lưu truyền câu: “Có Thầy ở mãi Tây Thiên, Luyện đạo tu thiền hiệu Khâu Đà La”. Tương truyền Khâu Đà La là vị Thánh tăng, trên bước đường giảng đạo đã đến vùng đất cổ Luy Lâu. Cùng với nhiều vị cao tăng đắc đạo khác, Ngài đã sáng lập nên hệ thống Tứ Pháp trong vùng bao gồm pháp Vân, pháp Vũ, pháp Lôi, pháp Điện ứng với mây, mưa, sấm, chớp. Hệ thống Tứ Pháp này đã nhanh chóng được đón nhận và đi vào đời sống tín ngưỡng dân gian, thể hiện sự tương thích giữa đạo và đời, nguyện cầu cho mưa thuận gió hòa, mùa màng tốt tươi, mang lại cuộc sống no ấm cho người dân...
Ở làng Mèn xưa (tên Nôm của làng Mãn Xá) có nàng Man Nương-con của Tiên ông Tu Định-lên chùa học đạo. Một buổi sau khi quét dọn cửa chùa, Man Nương thiếp đi ngay lối ra vào. Đức Khâu Đà La đi giảng đạo về thấy vậy không nỡ đánh thức mà bước qua. Man Nương sau đó thụ thai và sinh hạ một bé gái. Đức Khâu Đà La mang hài đồng đến gần một cây dung thụ (cây dâu), không ngờ “tán cây xòe xuống và đứa trẻ biến vào thân cây”! Về sau cây bị mưa bão làm đổ xuống sông và trôi về vùng Luy Lâu. Dân phu các làng xô nhau ra kéo nhưng không tài nào đưa được cây vào bờ. Man Nương biết chuyện liền ra sông. Như có sự giao cảm của tình mẫu tử, nàng quăng dải yếm ra và kéo được cây vào bờ trước sự kinh ngạc của bao người. Chuyện xưa còn truyền rằng hài đồng sau đó đã hiển linh thành Thạch Cao Vương Phật ngự tại chùa Dâu. Thân cây dung thụ được người đời tạc thành bốn vị thần Tứ Pháp tương ứng và được thờ tại chùa Dâu, chùa Đậu, chùa Tướng và chùa Dàn thuộc các xã Thanh Khương, Trí Quả, huyện Thuận Thành. Gia trang của bậc sinh thành Man Nương được xây dựng thành chùa và người đời sau thường nhắc đến chùa Tổ với xuất xứ “Cải gia vi tự”.
Ở làng Mèn xưa (tên Nôm của làng Mãn Xá) có nàng Man Nương-con của Tiên ông Tu Định-lên chùa học đạo. Một buổi sau khi quét dọn cửa chùa, Man Nương thiếp đi ngay lối ra vào. Đức Khâu Đà La đi giảng đạo về thấy vậy không nỡ đánh thức mà bước qua. Man Nương sau đó thụ thai và sinh hạ một bé gái. Đức Khâu Đà La mang hài đồng đến gần một cây dung thụ (cây dâu), không ngờ “tán cây xòe xuống và đứa trẻ biến vào thân cây”! Về sau cây bị mưa bão làm đổ xuống sông và trôi về vùng Luy Lâu. Dân phu các làng xô nhau ra kéo nhưng không tài nào đưa được cây vào bờ. Man Nương biết chuyện liền ra sông. Như có sự giao cảm của tình mẫu tử, nàng quăng dải yếm ra và kéo được cây vào bờ trước sự kinh ngạc của bao người. Chuyện xưa còn truyền rằng hài đồng sau đó đã hiển linh thành Thạch Cao Vương Phật ngự tại chùa Dâu. Thân cây dung thụ được người đời tạc thành bốn vị thần Tứ Pháp tương ứng và được thờ tại chùa Dâu, chùa Đậu, chùa Tướng và chùa Dàn thuộc các xã Thanh Khương, Trí Quả, huyện Thuận Thành. Gia trang của bậc sinh thành Man Nương được xây dựng thành chùa và người đời sau thường nhắc đến chùa Tổ với xuất xứ “Cải gia vi tự”.
Chùa Tổ là nơi xuất hiện sớm nhất các công trình kiến trúc nghệ thuật cổ như giếng nước, chuông, khánh đồng, bia đá và nhiều bản khắc gỗ. Tại chùa hiện vẫn còn một giếng cổ tương truyền do Man Nương cắm cây gậy tích trượng của Đức Khâu Đà La tạo thành để cứu mùa màng khỏi khô hạn. Lễ hội Tứ Pháp hàng năm vẫn được tổ chức vào ngày 8-4 Âm lịch. Trong ngày hội, kiệu của bốn vị phật Tứ Pháp từ chùa Dâu, chùa Đậu, chùa Tướng, chùa Dàn thường được rước về bái Tổ tại Phúc Nghiêm Tự. Hình thành đầu tiên tại trung tâm phật giáo Luy Lâu, hệ thống Tứ Pháp sau đó được nhân rộng tại nhiều tỉnh miền Bắc, song riêng chùa Tổ và Mẫu Tứ Pháp chỉ duy nhất có ở Thuận Thành Bắc Ninh.
Xung quanh công trình kiến trúc cổ này là cả những sự tích vừa huyền bí vừa hiện thực. Ngày 20-4-2001 chùa Tổ chính thức được Bộ Văn hóa thể thao và du lịch cấp Bằng công nhận Di tích lịch sử văn hóa quốc gia.
){kind=link}