Hiện tại chùa nằm trong một khuôn viên rộng ở phía tây của làng, có nhiều công trình kiến trúc và cây xanh. Nằm ở ngoài cùng là cổng chùa xây cuốn vòm, trên có gác nhỏ chồng diêm 8 mái, bên trong có nhà tổ, nhà tăng, tam bảo, vườn tháp…
Tam bảo kiến trúc hình chữ Công gồm 7 gian tiền đường, 4 gian thiêu hương và 3 gian thượng điện. Trên thiêu hương còn có một gác chuông 2 tầng vượt hẳn lên, kết cấu mái kiểu chồng diêm. Mái toà tam bảo đều có đầu đao ở 4 góc, trong kết cấu gỗ có nhiều mảng chạm khắc hình tứ linh, tứ quý và hoa lá cách điệu. Hệ thống tượng thờ ở di tích còn khá phong phú, gồm bộ tượng hộ pháp, bát bộ kim cương, bộ tượng đức ông và thánh hiền ở nhà tiền đường.
Trên tam bảo là hệ thống 6 lớp tượng mới 18 pho cùng hai dãy thập điện diêm vương đều được tạo tác tinh tế, sơn son thếp vàng. Trên nhà thượng điện còn có ban thờ thánh Pháp Thông, đức thánh tải với các pho tượng mang phong cách tượng Tứ Pháp. Ngoài ra trong chùa Hương Thuỷ còn có nhiều tượng chân dung, tượng tổ và tượng thờ khác, tổng cộng gồm 65 pho. Đặc biệt ở đây còn bảo quản được quả chuông đồng “Hương Thuỷ tự chung” đúc năm 1841, bia đá khắc năm 1907, tháp mộ và tượng thờ sư tổ Thích Đàm Miên, tức Bà Ba Cai Vàng và nhiều đồ thờ tự khác như hoành phi, câu đối…
Cứ hai năm một lần, vào ngày 11 đến 14 tháng 4 âm lịch, dân làng Đại Trạch lại tổ chức hội “Tạ ân”. Trong lễ hội có tục rước thánh phật Pháp Thông từ chùa Huệ Trạch làng Xuân Quan về chùa Hương Thuỷ làm lễ bái tạ. Lễ hội tổ chức rất long trọng được nhiều khách thập phương và nhân dân trong vùng đến dự.
Chùa Hương Thuỷ đã được Bộ VHTT xếp hạng năm 1994.
Từ 2006 sư thầy Thích Đàm Ấn trụ trì chùa Hương Thuỷ đã huy động công đức trùng tu tôn tạo lớn nhiều hạng mục của chùa: nhà tổ 1,5 tỉ đồng (2007), nhà mẫu 0,8 tỉ đồng (2010), đền Thiện 0,8 tỉ đồng (2010), sân, tường, hồ… 1,0 tỉ đồng (2011) và đã khánh thành ngày 18/3/2011.
Theo sư thầy Thích Đàm Ấn thì chùa Hương Thuỷ từ xa xưa đã là một danh lam thắng cảnh được nhiều danh sĩ thăm viếng, trong đó có Trường phái hầu Lê Quýnh người làng Đại Mão. Ông từng bền chí giữ tiết chịu 13 năm giam cầm bên đất Thanh chứ không chịu dóc tóc đổi áo làm quan nhà Thanh khiến vua Càn Long cũng khen là “Tinh trung tráng liệt”. Năm 1804 ông đưa thi hài vua Lê về nước rồi thường đến ở chùa này. Đặc biệt, ngôi chùa còn là nơi nữ tướng Bà Ba Cai Vàng chân tu lánh đời từ khi bà giải tán nghĩa quân đến khi viên tịch.
Bà Ba Cai Vàng tên thật là Lê Thị Miên sinh năm 1836 thuộc hoàng tộc nhà Lê. Từ bé bà đã được rèn luyện cả thơ văn lẫn cung kiếm, sớm nổi danh văn võ song toàn. Ngoài 20 tuổi cô gái ấy mới tìm thấy ở Nguyễn Văn Thịnh, cai tổng tổng Vàng (nay là Phượng Sơn - Lục Nam) xứng là đáng nam nhi đáng trao thân gửi phận. Trai tài gái sắc gặp nhau cô gái trẻ Lê Thị Miên bỏ hẳn thói thường chịu lấy làm lẽ thứ ba, vì thế sau này người đời gọi bà là Bà Ba Cai Vàng.
Đầu năm 1862 Cai Vàng tập hợp trai tráng đánh phỉ Tàu tràn sang bảo vệ xóm làng. Đội dân binh lớn mạnh nhanh chóng do Bà Ba cùng chồng mưu việc lớn. Tháng 4/1862 Cai Vàng tự xưng là nguyên soái, suy tôn hoàng thân Lê Duy Thuần làm minh chủ, tế cờ tại căn cứ Yên Thế phát động cuộc khởi nghĩa khôi phục nhà Lê, giống như công cuộc trung hưng nhà Lê thời Hưng quốc công Nguyễn Kim đánh nhà Mạc.
Kinh Bắc vốn là đất thang mộc thời vua Lê Chiêu Thống bôn tẩu phục quốc nên hương thân nghĩa sĩ theo về dưới cờ nguyên soái Cai Vàng ngày một đông. Quân đội Cai Vàng lần lượt hạ các thành Phủ Mọc, Lạng Giang, Yên Dũng áp sát tỉnh thành Bắc Ninh. Một cánh quân vượt sông Đuống đánh phá vùng Văn Giang, Thuận Thành đánh bại nhiều tướng triều đình như Lê Thanh bạch, Tôn Thất Bình, Nguyễn Đăng Hành… Bấy giờ dân gian lưu truyền tướng quân Cai Vàng có ngọc rết trong người nên tên đạn không thể phạm. Triều đình phải đúc đạn vàng để mưu hại ông. Ngày 30/8/1863 Cai Vàng đi tuần trên sông Thương đã bị lãnh Tảo phục binh đánh bất ngờ. Hoả lực đạn vàng bắn dữ dội vào thuyền khiến Đốc Xồm, một thủ hạ thân tín của Cai Vàng chết tại trận, còn chính Cai Vàng thì trúng thương nặng, phải cố gượng phá vây chạy về quân doanh thì tắt thở.
Lúc này Bà Ba đang chỉ huy quân đánh phá vùng Hải Dương hay tin chồng bị mai phục tử thương liền kéo quân về trả thù: Đánh cho một trận chói chang/Trả nghĩa cho chàng rồi mới chịu lui (vè Bà Ba Cai Vàng). Mùa xuân năm 1864 Bà Ba đem toàn binh lực tấn công quân triều đình, bắt sống được lãnh Tảo đem về căn cứ. Bà đem lãnh Tảo làm lễ tế chồng và các chiến hữu. Xong việc bà tuyên bố giảp giáp quân đội rồi cắt tóc đi tu tại chùa Hương Thuỷ đến lúc qua đời năm 1912 với pháp hiệu là Thích Đàm Miên. Trong thời gian trụ trì chùa Hương Thuỷ bà đã âm thầm quy tập gần 500 hài cốt quân nghĩa về chôn ở khu Ma Ỏm, lại dựng ngôi miếu thờ, dân làng gọi là miếu Âm Hồn. Bà tập hợp được khá đông những người có chức sắc, có học vấn lập nên “Hương Sơn hội quán” có trụ sở hoạt động cạnh chùa với những việc làm thiện tâm. Bà cũng bỏ tiền mua ruộng gửi hậu để ngày rằm tháng bảy nhà chùa cúng vong hồn các tử sĩ miếu Âm Hồn.
Sau khi Bà Ba Cai Vàng qua đời, danh sĩ địa phương có đôi liễn ca ngợi treo ở miếu Âm Hồn như sau:
Tiểu cát phục nhung y kị mã huy kì danh trấn hùng uy nhân Kinh Bắc
Xuất gia quy thiền phái chiêu kinh tịch kệ học thông đức độ phật Như Lai
Nghĩa là:
Phận lẽ khoác áo bào, cưỡi ngựa, phất cờ, danh tiếng oai hùng người Kinh Bắc
Đi tu nương cửa phật, sớm kinh, chiều kệ, học thông đức độ phật Như Lai.
Như vậy chùa Hương Thuỷ vẫn thờ phật bình thường như mọi ngôi chùa khác, nhưng ở đây lại còn thờ cả thánh phật Pháp Thông liên quan tới thánh làng Hưng Hồng Vương và đặc biệt là vị sư tổ nữ lưu anh kiệt Bà Ba Cai Vàng và những kỉ niệm về cuộc khởi nghĩa Cai Vàng.
){kind=link}